Die Gesellschaft wird durch die/den Präsidentin/en nach innen und außen vertreten. Die Amtsperiode beträgt drei Jahre. In der Regel wird ein/e Vizepräsident/in durch die Mitgliederversammlung gewählt, der die/den Präsidentin/en nach drei Jahren ablöst. Die/Der Präsident/in arbeitet danach als Altpräsident/in und engagiert sich insbesondere zu Fragen der Forschungsausrichtung in den Gartenbauwissenschaften. Dieses Rotationsprinzip ermöglicht die Einbeziehung vieler Wissenschaftler/innen der Gesellschaft in die Vorstandsarbeit und bringt neue Impulse und Ideen ein.